Abstrakt
även om däggdjursgenom är diploida, tidigare studier undersökte omfattande de genomsnittliga kromatinarkitekturerna utan att beakta skillnaderna mellan homologa kromosomer. Vi genererade Hi-C, ChIP-seq och RNA-seq dataset från CD4 T-celler av B6, gjutna och hybridmöss för att undersöka diploid kromatinorganisation och epigenetisk reglering. Våra data indikerar att interkromosomala interaktionsmönster mellan homologa kromosomer är likartade, och likheten är starkt korrelerad med deras alleliska samuttrycksnivåer. Rekonstruktion av 3D-kärnan avslöjade att avstånden mellan de homologa kromosomerna till kärnans centrum är nästan desamma. De interkromosomala interaktionerna vid centromerändar är signifikant svagare än de vid telomerändar, vilket tyder på att de är belägna i olika regioner inom kromosomområdena. Majoriteten av A / B-fack eller topologiskt associerade domäner (TADs) är konsekventa mellan B6 och Cast. Vi fann att 58% av haploiderna i hybrider behåller sin föräldrafack status vid B6/gjutna divergerande fack på grund av cis-effekt. Cirka 95% av de trans-effected B6/Cast divergerande facken konvergerar till samma fackstatus potentiellt på grund av en delad cellulär miljö. Vi visade att de differentiellt uttryckta generna mellan de två haploiderna i hybrid var associerade med antingen genetiska eller epigenetiska effekter. Sammanfattningsvis gav våra Multi-omics-data från hybridmössen haploidspecifik information om 3D-kärnarkitekturen och en rik resurs för att ytterligare förstå den epigenetiska regleringen av haploidspecifikt genuttryck.
