Helgenomsekvenser av fem stammar av Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 och NCTC7511

meddelande

KOCURIA rosea är en icke-sporbildande, aerob, oxidas-negativ, katalas-positiv, gram-positiv coccoid bakterie som växer som cirkulära, släta, Rosa kolonier på näringsagar. Denna organism är traditionellt känd som en saprofyt och finns vanligtvis i den naturliga miljön (jord, vatten och luft) (1). K. rosea är också en kommensal av mänsklig hud och orofarynx och är mycket sällan en mänsklig patogen, men på grund av potentiell felidentifiering och mikrokocker som betraktas som föroreningar kan dess roll vid infektion underskattas (2). K. rosea har beskrivits som en opportunistisk patogen; det har varit känt att orsaka medicinteknisk relaterad sjukdom i immunkompetenta och hos dem med underliggande tillstånd, och det har varit inblandat i isolerade fall av urinvägsinfektion, bakteremi, endokardit och peritonit hos dem som genomgår peritonealdialys (3-6). Fenotypiska och biokemiska identifieringstekniker kan misslyckas med att korrekt identifiera K. rosea, och genombaserade identifieringsmetoder kan krävas för att bygga en mer fullständig bild av sjukdomen orsakad av denna organism (2). För närvarande finns det bara tre utkast till genomsekvenser tillgängliga för K. rosea-stammar. Här rapporterar vi ytterligare genomsekvenser av fem stammar deponerade i National Collection of type Cultures (NCTC). Tre av dessa Genom har monterats i en enda kontig.

på grund av den historiska karaktären hos stammarna sekvenserade i denna studie är tillgängligheten av metadata begränsad. NCTC-poster markerar att alla fem stammarna isolerades före 1949. I synnerhet är alla listade i en studie utförd i NCTC i slutet av 1940-talet, vars syfte var att tillhandahålla ett allmänt användbart klassificeringssystem för aerob katalas-positiva grampositiva kocker genom att undersöka 431 stammar för morfologiska egenskaper, biokemiska egenskaper och känslighet för två bakteriofager (7). Det är också känt att NCTC7512, NCTC7514 och NCTC7528 en gång var en del av Kral Collection, en av världens första mikrobiella kultursamlingar som fungerade från 1890 till 1911.

de fem NCTC-stammarna återvanns från lyofiliserade ampuller, odlades på näringsagar och inkuberades vid 37 kcal C under 48 timmar. genomiskt DNA extraherades från de rena kulturerna med Qiagen midi kit och en 100/G genomisk spets (Manchester, Storbritannien). Hela genomsekvensering (WGS) utfördes med hjälp av Pacific Biosciences (PacBio) RS II-plattformen. DNA klipptes till 15 kb, följt av beredning av ett 10 kb – till 20 kb-bibliotek och sekvensering med användning av C4/P6-Kemi.

Sekvensläsningar monterades med HGAP v3 i SMRT-Analysprogramvaran v2.3. 0 (8). Vecket täckning till målet när plocka minsta fragment längd för montering sattes till 30, och den ungefärliga genomstorleken sattes till 3 Mbp. Enheten cirkulerades med användning av Circlator v1.1. 3 (9). Slutligen polerades den cirkulariserade enheten med pacbio RS_Resequencing-protokollet och Quiver v1 i SMRT-Analysprogramvaran v2.3.0. Automatiserad anteckning utfördes med användning av Prokka v1.5 och en genusspecifik databas från RefSeq (10). Den sammanfattande statistiken över genomerna i de fem stammarna visas i Tabell 1.