i December 1990 det första helt tyska fria valet sedan Nazistperioden gav Kohls koalition en utökad majoritet. Efter 45 års uppdelning var Tyskland återigen enat, och det följande året hjälpte Kohl att förhandla om fördraget om Europeiska unionen, som etablerade Europeiska unionen (EU) och banade väg för införandet av euron, EU: s gemensamma valuta, i slutet av decenniet.
uppnåendet av nationell enande skuggades snart av en rad svårigheter, vissa på grund av strukturella problem i den europeiska ekonomin, andra till kostnaderna och konsekvenserna av enandet i sig. Liksom större delen av resten av Europa mötte Tyskland på 1990-talet ökad global konkurrens, de ökande kostnaderna för sitt utarbetade sociala välfärdssystem och envis arbetslöshet, särskilt i sin traditionella industrisektor. Men det stod också inför de svindlande extra kostnaderna för att förena öst och väst. Dessa utgifter var desto mer oroande eftersom de tydligen var oväntade. Kohl och hans rådgivare hade gjort lite för att förbereda tyska skattebetalare för kostnaderna för enande, delvis för att de fruktade de potentiella politiska konsekvenserna men också för att de själva blev förvånade över uppgiftens omfattning. Kärnan i problemet var tillståndet i den östtyska ekonomin, som var mycket värre än någon hade insett eller erkänt. Endast en handfull östliga företag kunde konkurrera på världsmarknaden; de flesta var bedrövligt ineffektiva och också miljömässigt destruktiva. Som en konsekvens kollapsade den tidigare östtyska ekonomin, hundratusentals östlänningar mötte arbetslöshet och öst blev starkt beroende av federala subventioner. Samtidigt krävde infrastrukturen—vägar, järnvägslinjer, telefoner och liknande—massiva kapitalinvesteringar för att ge grunden för framtida ekonomisk tillväxt. Kort sagt, löftet om omedelbart välstånd och ekonomisk jämlikhet, som den snabba och relativt smärtfria föreningsprocessen hade vilat, visade sig vara omöjligt att uppfylla. Arbetslöshet, social dislokation, och besvikelse fortsatte att hemsöka den nya l Ubicnder mer än ett decennium efter Berlinmurens fall.
den långvariga ekonomiska klyftan mellan öst och väst var bara en av flera svårigheter att delta i enande. Inte överraskande, många österlänningar förbittrade vad de tog för att vara västerländsk arrogans och okänslighet. Termerna Wessi (”westerner”) och Ossi (”easterner”) kom att innebära olika tillvägagångssätt för världen: den tidigare konkurrenskraftiga och aggressiva, produkten av vad tyskarna kallar västens ”armbågssamhälle”; den senare passiva och indolenta, produkten av den kommunistiska regimens kvävande säkerhet. PDS blev den politiska rösten för östliga missnöje, med starkt om lokaliserat stöd i några av de nya l Ubicnder. Dessutom har den neofascistiska tyska folkunionen (Deutsche Volksunion), ledd av miljonärförlaget Gerhard Frey, fick betydande stöd bland Östtysklands massa arbetslösa arbetare. Förutom den förbittring och besvikelse över enande som många östliga och vissa västerlänningar kände, fanns det också problemet med att komma överens med de arv som lämnades av 40 års diktatur. Östtyskland hade utvecklat en stor och effektiv säkerhetsapparat (Stasi), som anställde ett brett nätverk av professionella och amatörinformanter. När filerna i denna organisation började offentliggöras upptäckte östtyskar att många av deras mest framstående medborgare, liksom några av deras vänner, grannar och till och med familjemedlemmar, hade varit på Stasi-lönen. Att komma överens med dessa uppenbarelser—juridiskt, politiskt och personligen—ökade spänningen i postunification decade.
trots problemen med enande, liksom en serie skandaler i sitt eget parti, vann Kohl en smal seger 1994. 1996 överträffade han Adenauers rekord som den längsta tjänstgörande tyska kanslern sedan Bismarck. Ändå var hans popularitet tydligt ebbing. Kohl blev alltmer intolerant mot kritik inom sitt eget parti och led ett förödmjukande nederlag när hans första val för ordförandeskapet avvisades. Istället valdes Roman Herzog, presidenten för den federala konstitutionella domstolen, i maj 1994 och fullgjorde sina uppgifter effektivt och graciöst. När Tyskland förberedde sig för valet 1998 vacklade dess ekonomi-arbetslösheten översteg 10 procent och var dubbelt så stor som i stora delar av östra Tyskland—och några medlemmar av Kohls parti hoppades Öppet att han skulle gå åt sidan till förmån för en ny kandidat; istället sprang kanslern igen och hans koalition besegrades och avslutade sitt 16-åriga kanslerskap. Kohl ersattes som kansler av Gerhard Schr Jacobder, den pragmatiska och fotogena ledaren för SPD, som bildade en koalition med Miljöpartiet.