Wellhausens namn kommer någonsin att associeras med högre kritik av Gamla Testamentet, studiet av hebreiska och grekiska skrifter ur en renvetenskaplig och kritisk/historisk synvinkel. Han undersökte ursprunget till den hebreiska bibeln, judarna och judendomen mitt i bakgrunden av de gamla nära Östra imperierna i Assyrien, Neo-Babylonien, Persien och de makedonska-grekiska staterna Seleukos och Ptolemaios. Wellhausen är fortfarande ett dominerande inflytande på moderna hebreiska bibliska studier.
Julius Wellhausen föddes i den nordtyska staden Hameln den 17 maj 1844. Hans far var en luthersk minister; Julius skulle följa i samma kallelse. Wellhausen skickades till Gottingen under perioden 1862-65 för att studera under Heinrich Ewald, en Hebraist och gammaltestamentlig forskare. Wellhausen och Ewald föll dock gradvis ut under åren 1866-70. De två grälade över den korrekta tolkningen av Gamla Testamentet och om preussisk politik. Wellhausen tog sin doktorsexamen i teologi 1870 och undervisade sedan i två år på Gottingen. År 1872 fick Wellhausen en professur vid Greifswald, belägen vid Östersjön. Han avgick 1882 för att han trodde att hans läror hade en allvarlig effekt på teologiska studenter avsedda för ministeriet, och för att han hade blivit en kontrovers över sina publicerade åsikter om Gamla Testamentet.
år 1882 hade Wellhausen redan skrivit många viktiga böcker. Hans första verk var de Gentibus et Familus Judaeis (1870), som handlade om Gamla Testamentets släktforskning. Sedan kom Der Text Der Bucher Samuelis Untersucht (1871). Han tyckte att den existerande hebreiska texten i de två Samuelsböckerna var mycket oförklarlig och korrupt. Med hjälp av alla hebreiska bevis och de tidiga grekiska översättningarna, som Septuaginta, försökte han rekonstruera en mer exakt text. Därefter kom Farisaeer und Sadducaeer (1874), som handlar om uppkomsten, utvecklingen och tankarna hos de två dominerande judiska sekterna som fanns vid Jesu tid. Därefter kom det mycket viktiga arbetet Die Composition des Hexateuchs und Der Historischen Bucher Des Altes Testaments (1876-77), som först uppträdde som artiklar i en tysk vetenskaplig tidskrift. Därefter uppträdde hans mest kända verk Geschichte Israel, Band I (1878). Alla senare utgåvor av denna banbrytande bok hade titeln Prolegomena zur Geschichte Israel (1883). En engelsk översättning dök upp 1885; den trycktes inte igen förrän 1957.
Prolegomena har samma betydelse för Gamla Testamentets studier som Copernicus Revolutionibus Orbium Coelestium (1543) för astronomi och Darwins arternas ursprung (1859) för biologi. Efter publiceringen av Prolegomena, forskare delades in i två läger: de som accepterade Wellhausens grundläggande tankar om hebreisk historia och de som inte gjorde det. De flesta av den akademiska och lärda världen valde Wellhausen, men en intensiv kontrovers fortsätter att rasa om hela saken. Wellhausen redigerade också de senare utgåvorna av Friedrich Bleeks standardintroduktion till litteraturen i Gamla Testamentet, Einleitung i Das Alte Testament.
vid den tidpunkt då Wellhausen studerade med Ewald var den tyska teologiska världen i oro över D. F. Strauss Jesu liv (1835-36). Detta arbete hävdade att de fyra kanoniska evangelierna inte var historia, utan snarare var samlingar av kristen folklore, myt, legend, fiktion och From propaganda, med knappast några spår kvar av den verkliga Jesus. F. C. Baur, En annan elev av tidig kristendom, hävdade att handlingar var opålitliga och inte faktiska, och att mer än hälften av Paulus brev i Nya Testamentet skrevs efter hans död. Baur trodde att Johannesevangeliet också var sent (c. 150 CE) och innehöll inga autentiska gärningar eller uttalanden från den historiska Jesus. Gamla Testamentets berättelser hade genomgått liknande ifrågasättande. Det var i detta sammanhang som Wellhausen förlorade sin tro och snart kom att anta endast kritiska, historiska och vetenskapliga metoder för undersökning om Bibeln. Denna skillnad var i centrum för hans sista paus med Ewald.
i mer än två årtusenden trodde man att Moses lagar var äldre än den hebreiska monarkin, som grundades av Saul c. 1020 f. Kr. och de hebreiska profeterna, 9: e till 5: e århundradet f. Kr. Wellhausen blev upprörd när han försökte tydligt förstå förhållandena mellan Mosaiklagarna, förmodligen från omkring 1450 f.kr., och monarkin och profeterna. Wellhausen var både orolig och förvirrad över konceptet att Mosaiklagarna innehöll nyckeln och förklaringen till de senare åldrarna av hebreisk historia. Han var allvarligt förvirrad av de förklaringar som A. W. Knobel i hans lärda och sedan standard kommentarer på Moseböckerna (1852-61) och skrifter hans mentor, Ewald. Wellhausen skrev: ”så långt från att uppnå tydliga föreställningar, föll jag bara i djupare förvirring, vilket var värre förvirrad av förklaringarna från Ewald i den andra volymen av hans Israels historia. Till sist, under ett tillfälligt besök i Gottingen sommaren 1867, lärde jag mig genom Ritschl att Karl Heinrich Graf lade lagen senare än profeterna, och nästan utan att veta hans skäl till hypotesen var jag beredd att acceptera den; jag erkände lätt för mig själv möjligheten att förstå hebreiska antiken utan Torahs bok.”
frågan Var, var Moses lagar före eller efter profeterna sådana Amos, Hosea, Jesaja och Mika? Ett litet antal forskare hade redan placerat profeterna före lagen. Bland dessa var Eduard Reuss (1833), J. F. L. George (1835), William Vatke (1835); detta återupplivades av K. H. Graf 1866. Här var orsak och verkan helt omvänd och denna position ansågs uppenbarligen absurd. Men detta gav Wellhausen den ledtråd han behövde för att göra hela israelitisk/Judisk biblisk historia verkligen förståelig i sin bok om Hexateuch och i Prolegomena. Dessa två volymer, hans viktigaste verk om judisk historia, upphävde snart det befintliga samförståndet i frågan och ledde till en vetenskaplig revolution. Wellhausen accepterade den så kallade ”dokumentärhypotesen” att de fem Moseböckerna inte skrevs av Moses utan snarare bestod av fyra olika, senare, och anonyma källor som har utsetts av forskare med bokstäverna, J, E, D, och P. Wellhausen slutliga slutsatser var att judendomen och bevarade Moseböckerna inte fanns före den 5: e århundradet f.Kr. han trodde att prästen Ezra, inte Moses i det andra årtusendet f. Kr., instiftade judendomen omkring år 444 f. Kr.
i 1882, Wellhausen flyttade till Halle som biträdande professor i semitiska språk. Han flyttade till Marburg treår senare, efter att ha fått en full professor. Hans vistelse i Marburg (1885-91) utgjorde de lyckligaste åren i hans liv. Under denna tid betrodde han att berätta för nära kollegor och vänner att han var ”trött” på Gamla Testamentet.