under det andra årtusendet f.Kr. var territorierna mellan Kama och Irtysh floder hem för en Proto-Uralisk talande befolkning som hade kontakter med Proto-Indo-europeiska talare från söder. Invånarna i områdena var av Europid bestånd, men Khanty är övervägande Uraloid. Skogsbefolkningen är förfader till de moderna ugriska invånarna i Trans-Uralia. Vissa anser att khantys förfäder är den förhistoriska metallbearbetningen Andronovo-kulturen. Andra forskare säger att Khanty-folket härstammar i södra Ural-steppen och flyttade norrut till sin nuvarande plats omkring 500 e.Kr.
Khanty visas troligen i ryska poster under namnet Yugra (ca. 11th century), när de hade kontakt med ryska jägare och köpmän. Namnet kommer från Komi-Zyrian-språket J kubogra (’Khanty’). Det är också möjligt att de först spelades in av den engelska kungen Alfred den Store (ca. 9: e århundradet), som ligger Fenland (våtmark) öster om Vita havet i västra Sibirien. Det äldre ryska namnet Ostyak är från Khanty as-kho ’ person från Ob (as) River,’ med-yak efter andra etniska termer som Permyak.
några Khanty princedoms ingick delvis i Sibirien Khanate från 1440–talet-1570-talet.
på 11-talet var Yugra faktiskt en term för många stammar, som alla hade sitt eget centrum och sin egen chef. Varje stam hade två exogamiska fratrier, kallade mon ’ t ’ och por, och alla medlemmar ansågs vara blodrelaterade. Denna struktur ersattes senare med klaner, där varje klanledare (knyazets) förhandlade med det ryska riket. De deltog också i ryska kampanjer och fick rätt att samla yasaq (hyllning) från två Khanty volosts (distrikt) respektive. När denna struktur inte längre behövdes berövade Ryssland dem sina privilegier.
mellan den 17: e och 19-talen, det fanns försök att införa kristendomen, men Khanty livsstil inte genomgå några verkliga förändringar. Under andra hälften av 19th century accepterade de gradvis statlig lag.
under sovjettiden var Khanty en av få inhemska minoriteter i Sibirien som beviljades autonomi i form av ett okrug (autonomt distrikt). Etableringen av autonomi har spelat en betydande roll i konsolideringen av etnos (Västra Khants kallade sina östra grannar kant Kazakk ). Men på 1930-talet gjordes samordnade ansträngningar av Sovjetstaten för att kollektivisera dem. De inledande stadierna av detta innebar utförandet av stamhövdingar, som var märkta ”kulaks”, följt av utförandet av shamaner. Bortförandet av staten av barnen som skickades till rysktalande internatskolor provocerade ett nationellt uppror 1933 kallat Kazym-upproret.
efter Stalinperiodens slut var denna process avslappnad och ansträngningarna intensifierades på 1980-och 1990-talet för att skydda deras gemensamma territorium från industriell expansion av olika ministerier och byråer. Autonomin har också spelat en viktig roll för att bevara den traditionella kulturen och språket.
