Kocuria rhizophila DC2201(= NBRC 103217)

Bisexuell

jorden actinomycete kocuria rhizophila är en coccoid, grampositiv bakterie. Det tillhör familjen Micrococcaceae i subordern Micrococcineae, en divergerande bakteriegrupp för vilken endast begränsad mängd genomisk information för närvarande är tillgänglig. Typen stam av K. rhizophila (DSM 11926t) isolerades från rhizosfären av smalbladig cattail (Typha angustifolia). Släktet Kocuria skapades från släktet Micrococcus på grundval av den fylogenetiska och kemotaxonomiska dissektionen av släktet Micrococcus. Medlemmar av släktet Kocuria isolerades från en mängd olika naturliga källor inklusive däggdjurshud, jord, rhizosfären, fermenterade livsmedel, kliniska prover, färskvatten och marina sediment. K. rhizophila ATCC 9341, tidigare Micrococcus luteus, betecknas som en kvalitetskontrollstam i ett antal applikationer, inklusive känslighetsanalyser för en mängd olika antibiotika. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) härleddes från ifo 12708 och karakteriserades som en stam som uppvisar tolerans mot en mängd olika organiska lösningsmedel. Den lilla genomstorleken, förmågan att växa snabbt och vid hög celldensitet och robustheten hos cellerna vid olika tillväxtförhållanden skulle vara mycket fördelaktig för utvecklingen av bakteriellt biokonversionssystem som kan användas under svåra förhållanden, såsom i organiska lösningsmedel.

sekvensering och annotering av genomet av K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) avslöjade en enda cirkulär kromosom (2 697 540 bp; G+C-innehåll av 71,16%) innehållande 2 356 förutsagda proteinkodande gener. De flesta av de förutsagda proteinerna (87.7%) var orthologa till aktinobakteriella proteiner, och genomet visade ganska bra synteny med taxonomiskt relaterade aktinobakteriella genom. Å andra sidan verkar genomet koda mycket mindre antal proteiner som är nödvändiga för sekundär metabolism (en vardera av nonribosomal peptidsyntetas och typ III polyketidsyntas), transkriptionsreglering och lateral genöverföring, vilket återspeglar den lilla genomstorleken. Närvaron av sannolika metaboliska vägar för omvandling av fenolföreningar som genereras från sönderdelning av växtmaterial och närvaron av ett stort antal gener associerade med membrantransport, särskilt aminosyratransportörer och läkemedelsutflödespumpar, kan bidra till organismens utnyttjande av rotutsöndringar såväl som toleransen mot olika organiska föreningar.

detta arbete genomfördes som en del av projektet ”Utveckling av en teknisk infrastruktur för industriella bioprocesser” av New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Japan.

foto av
Dr.Tamura (NBRC, NITE)

till sidans topp