i mitten av 1610-talet förnyade Shah Abbas i sitt försök att föra Georgien mer fullständigt in i Safavid-riket och utsatte Kakheti för upprepade invasioner 1614, 1615 och 1616. I en serie georgiska uppror och iranska repressalier dödades sextio till sjuttio tusen människor, och mer än hundra tusen Kakhetiska bönder tvingades deporteras till Iran. Befolkningen i Kakheti sjönk med två tredjedelar; en gång blomstrande städer, som Gremi och Zagemi, krympte till obetydliga byar; jordbruket minskade och handeln stannade.: 50-51 år 1648 hade den outtröttliga Taimuraz äntligen blivit avstängd från Kakheti. Safavid-regeringen skärpte sin kontroll över Kakheti, genomförde en politik för att ersätta den inhemska befolkningen med nomadiska turkiska stammar. Samtidigt började Dagestani bergsklättrare attackera och kolonisera de Kakhetiska marchlands.
år 1659 arrangerade Kakhetians ett allmänt uppror och motverkade Safavids planer på att bosätta tiotusentals Turkomaner i Kakheti. Ändå förblev Kakheti under Irans politiska kontroll; de tre aristokratiska ledarna för upproret övergav sig och avrättades. Några år senare lyckades Vakhtang V Shah-Nawaz, en muslimsk Georgisk kung/vali av Kartli, få Shahs tillstånd att installera sin son Archil som kung/vali i Kakheti. Under en tid förenades de två riken i östra Georgien praktiskt taget under Shah-Nawaz och hans son, och en period av relativ fred följde. Genom att göra staden Telavi till sin huvudstad, i stället för Gremi som förstördes av de iranska invasionerna, bestämde Archil sig för att genomföra ett återuppbyggnadsprogram. Den lovande situationen var dock av kort varaktighet. Archils uppstigning i Kakheti markerade början på en rivalitet mellan de två Bagrationi – grenarna-Mukhrani, som Archil tillhörde, och House of Kakheti, borttagen från kronan i person av Teimuraz I. Detta senare hus lyckades äntligen, på bekostnad av deras avfall till Islam, återupprätta sig 1703 och styrde hädanefter till glädje för sina Safavid-överhövdingar. Detta visade sig vara till liten nytta, dock, och riket fortsatte att plågas av de ständiga Dagestani inbrytningar.
från 1724 till 1744 utsattes Kakheti för de successiva ottomanska och iranska ockupationerna. Den tjänst som den Kakhetiska prinsen Teimuraz II utförde till Nader Shah av Iran i kampen mot ottomanerna resulterade emellertid i en ogiltigförklaring av den stora hyllning som Kakheti betalade till den iranska domstolen 1743. 1744, som belöning för deras lojalitet, beviljade Nader kungadömet Kartli till Teimuraz II och Kartli till sin son Erekle II. båda monarkerna kröntes i enlighet med en kristen tradition 1745. De utnyttjade oron i Iran som följde naders mördande 1747 och etablerade sig som praktiskt taget oberoende härskare. Deras styre bidrog till att stabilisera landet; ekonomin började återuppliva, och Dagestani-attackerna minskades men eliminerades inte. När Teimuraz dog den 8 januari 1762 efterträdde Erekle honom och Förenade därmed östra Georgien som en enda stat för första gången på nästan tre århundraden, i form av Kungariket Kartli-Kakheti.
