i 2011 trak Khavari sig fra sin stilling i Bank Melli midt i beskyldninger om at være involveret i den iranske underslagskandale på cirka 2,6 milliarder dollars. Skandalen involverede brug af forfalskede dokumenter til svigagtigt at købe aktiver, der omfattede større statsejede virksomheder; Bank Melli, som Khavari førte som bestyrelsesformand og administrerende direktør, blev beskyldt for at lette svigagtige betalinger. Kort efter rejste Khavari til Storbritannien for at deltage i et møde i Lloyd Bank og meddelte sin fratræden ved at fakse det til iranske embedsmænd tirsdag den 27.September 2011.
i sit fratrædelsesbrev implicerede Khavari en anden bank som kilden til bedrageriet og hævdede, at han trak sig tilbage for at “respektere den offentlige mening”, ifølge Bloomberg.
i slutningen af September, 2011 flyttede han til Canada, hvor han har statsborgerskab. Toronto property records i Khavari navn dato til 2001, da han tog et pant for en $615.000 ejendom på Ave. i North York. På et tidspunkt ejede Khavari et Toronto-baseret firma kaldet Soaring Properties. I forsøg på at beskytte sin kapital mod beslaglæggelse investerede Khavari i Toronto fast ejendom ved at give penge til sine sønner, Khashayar og Ardavan. Han underskrev også sit hus på 3 millioner dollars i Bridle Path, Toronto over til sin datter, Parandis Khavari, og overførte deres to andre huse til kun at være i Fru Khavaris navn. På trods af adskillige anmodninger fra iransk politi udleverede canadiske myndigheder ikke khavari. Han kan blive udsat for dødsstraf, hvis han dømmes af Irans retssystem.
den 31.oktober 2011 opfordrede House of Commons of Canada-medlem Irvin Cotler til undersøgelse af, hvordan han blev canadisk statsborger.
i 2016 Bloomberg rapporterede, at Khavari og hans Sønner har været aktive i Toronto ejendomsmarkedet selv efter skandalen og fra 2012 til 2016 familien har købt mindst $12,1 millioner værd af ejendomme under forskellige navne og juridiske enheder. Derudover er de ansvarlige for omkring $11 millioner fra 10 forskellige realkreditlån.
mange af de virksomheder og institutioner, som Khavari har været tilknyttet, såsom Bank Sepah og senere Bank Melli, er blevet sanktioneret af FNs Sikkerhedsråd og det internationale samfund siden 2007. FNs Sikkerhedsråd sortlistet Bank Sepah under resolution 1747 og satte begrænsninger på Melli under resolution 1803. Ifølge sikkerhedsekspert, Avi Jorisch, er Khavari i strid med reglerne om særlige økonomiske foranstaltninger (Iran) for at have arbejdet og leveret finansielle tjenester på vegne af en udpeget Canadisk enhed. Khavari er også i strid med Canadas Antiterrorlov sammen med Del II.1 i straffeloven (afsnit 83.05). Desuden har canadiske myndigheder i henhold til afsnit 83.05 ret til at indefryse Khavaris aktiver. Fra og med 2016 har Khavari imidlertid ikke været udsat for nogen aktivfrysning eller efterforskning fra de canadiske myndigheder.
