Im Jahr 2011 trat Khavari von seiner Position bei der Bank Melli zurück, weil er beschuldigt wurde, in den iranischen Unterschlagungsskandal von rund 2,6 Milliarden Dollar verwickelt zu sein. Der Skandal beinhaltete die Verwendung gefälschter Dokumente zum betrügerischen Kauf von Vermögenswerten, zu denen auch große staatliche Unternehmen gehörten; Bank Melli, die Khavari als Vorstandsvorsitzender und Geschäftsführer leitete, wurde beschuldigt, betrügerische Zahlungen erleichtert zu haben. Khavari reiste kurz darauf nach Großbritannien, um an einem Treffen in der Lloyd Bank teilzunehmen, und kündigte seinen Rücktritt an, indem er ihn am Dienstag, dem 27. September 2011, an iranische Beamte faxte.
In seinem Rücktrittsschreiben beschuldigte Khavari eine andere Bank als Quelle des Betrugs und behauptete, dass er zurücktrete, um „die öffentliche Meinung zu respektieren“, so Bloomberg.
Ende September, 2011 er zog nach Kanada, wo er die Staatsbürgerschaft. Die Immobilienaufzeichnungen in Khavaris Namen stammen aus dem Jahr 2001, als er eine Hypothek für ein Grundstück in der Elmwood Ave in Höhe von 615.000 US-Dollar aufnahm. im Norden von York. Zu einer Zeit besaß Khavari eine in Toronto ansässige Firma namens Soaring Properties. Um sein Kapital vor Beschlagnahme zu schützen, investierte Khavari in Toronto-Immobilien, indem er seinen Söhnen Khashayar und Ardavan Geld gab. Er unterschrieb auch sein 3-Millionen-Dollar-Haus in Bridle Path, Toronto, an seine Tochter Parandis Khavari und übertrug ihre beiden anderen Häuser nur auf den Namen von Frau Khavaris. Trotz zahlreicher Anfragen der iranischen Polizei haben die kanadischen Behörden Khavari nicht ausgeliefert. Er kann mit der Todesstrafe rechnen, wenn er vom iranischen Justizsystem verurteilt wird.
Am 31. Oktober 2011 forderte Irwin Cotler, Mitglied des kanadischen Unterhauses, eine Untersuchung darüber, wie er kanadischer Staatsbürger wurde.
Im Jahr 2016 berichtete Bloomberg, dass Khavari und seine Söhne auch nach dem Skandal auf dem Immobilienmarkt in Toronto aktiv waren und von 2012 bis 2016 die Familie Immobilien im Wert von mindestens 12,1 Millionen US-Dollar unter verschiedenen Namen und juristischen Personen gekauft hat. Darüber hinaus sind sie für rund 11 Millionen US-Dollar aus 10 verschiedenen Hypotheken verantwortlich.
Viele der Unternehmen und Institutionen, mit denen Khavari in Verbindung gebracht wurde, wie die Bank Sepah und später die Bank Melli, wurden seit 2007 vom UN-Sicherheitsrat und der internationalen Gemeinschaft sanktioniert. Der UN-Sicherheitsrat hat die Bank Sepah gemäß Resolution 1747 auf die schwarze Liste gesetzt und Melli gemäß Resolution 1803 Beschränkungen auferlegt. Laut dem Sicherheitsexperten Avi Jorisch verstößt Khavari gegen die Vorschriften der Special Economic Measures (Iran), weil er im Auftrag eines bestimmten kanadischen Unternehmens gearbeitet und Finanzdienstleistungen erbracht hat. Khavari verstößt auch gegen das kanadische Anti-Terror-Gesetz sowie gegen Teil II.1 des Strafgesetzbuches (Abschnitt 83.05). Darüber hinaus haben die kanadischen Behörden gemäß Abschnitt 83.05 das Recht, Khavaris Vermögen einzufrieren. Ab 2016 wurde Khavari jedoch keinem Einfrieren oder keiner Untersuchung durch die kanadischen Behörden unterzogen.
