En 2011, Khavari renunció a su puesto en el Banco Melli en medio de acusaciones de estar involucrado en el escándalo de malversación iraní de aproximadamente 2,6 mil millones de dólares. El escándalo involucró el uso de documentos falsificados para comprar fraudulentamente activos que incluían a importantes empresas estatales; el Banco Melli, que Khavari dirigía como presidente de la junta y director general, fue acusado de facilitar pagos fraudulentos. Khavari poco después fue al Reino Unido para asistir a una reunión en Lloyd Bank y anunció su renuncia enviándola por fax a funcionarios iraníes el martes 27 de septiembre de 2011.
En su carta de renuncia, Khavari implicó a otro banco como la fuente del fraude y afirmó que renunciaba para «respetar la opinión pública», según Bloomberg.
A finales de septiembre de 2011 se mudó a Canadá, donde tiene la ciudadanía. Los registros de propiedades de Toronto a nombre de Khavari datan de 2001, cuando sacó una hipoteca por una propiedad de 6 615,000 en Elmwood Ave., en el norte de York. En un tiempo, Khavari era propietario de una compañía con sede en Toronto llamada Soaring Properties. En un intento de proteger su capital de la incautación, Khavari invirtió en bienes raíces en Toronto dando dinero a sus hijos, Khashayar y Ardavan. También firmó su casa de 3 millones de dólares en Bridle Path, Toronto a su hija, Parandis Khavari,y transfirió sus otras dos casas a nombre de Mrs. Khavaris. A pesar de las numerosas solicitudes de la policía iraní, las autoridades canadienses no extraditaron a Khavari. Puede ser condenado a muerte si es declarado culpable por el sistema judicial de Irán.
El 31 de octubre de 2011, Irwin Cotler, miembro de la Cámara de los Comunes de Canadá, pidió una investigación sobre cómo se convirtió en ciudadano canadiense.
En 2016 Bloomberg informó que Khavari y sus hijos han estado activos en el mercado inmobiliario de Toronto incluso después del escándalo y de 2012 a 2016, la familia ha comprado propiedades por un valor de al menos 1 12.1 millones bajo varios nombres y entidades legales. Además, son responsables de aproximadamente 1 11 millones de 10 hipotecas diferentes.
Muchas de las empresas e instituciones con las que Khavari ha estado asociado, como el Banco Sepah y más tarde el Banco Melli, han sido sancionadas por el consejo de seguridad de la ONU y la comunidad internacional desde 2007. El Consejo de Seguridad de la ONU incluyó en la lista negra al Banco Sepah en virtud de la resolución 1747 e impuso restricciones a Melli en virtud de la resolución 1803. Según el experto en seguridad, Avi Jorisch, Khavari está violando el Reglamento de Medidas Económicas Especiales (Irán) por haber trabajado y prestado servicios financieros en nombre de una entidad canadiense designada. Khavari también viola la Ley Antiterrorista de Canadá, junto con la Parte II.1 del Código Penal (Sección 83.05). Además, en virtud del artículo 83.05, las autoridades canadienses tienen derecho a congelar los activos de Khavari. Sin embargo, a partir de 2016 Khavari no ha sido objeto de ninguna congelación de activos o investigación por parte de las autoridades canadienses.
