En 2011, Khavari a démissionné de son poste à la Banque Melli en raison d’allégations d’implication dans le scandale de détournement de fonds iranien d’environ 2,6 milliards de dollars. Le scandale impliquait l’utilisation de faux documents pour acheter frauduleusement des actifs comprenant de grandes entreprises publiques; La Banque Melli, que Khavari dirigeait en tant que président du conseil d’administration et directeur général, a été accusée d’avoir facilité des paiements frauduleux. Peu de temps après, Khavari s’est rendu au Royaume-Uni afin d’assister à une réunion à la Lloyd Bank et a annoncé sa démission en la faxant aux responsables iraniens le mardi 27 septembre 2011.
Dans sa lettre de démission, Khavari a impliqué une autre banque comme source de la fraude et a affirmé qu’il démissionnait pour « respecter l’opinion publique », selon Bloomberg.
À la fin de septembre 2011, il a déménagé au Canada, où il a la citoyenneté. Les dossiers de propriété de Toronto au nom de Khavari datent de 2001, lorsqu’il a contracté une hypothèque pour une propriété de 615 000 $ sur l’avenue Elmwood., à North York. À une certaine époque, Khavari possédait une entreprise torontoise appelée Soaring Properties. Pour tenter de protéger son capital de la saisie, Khavari a investi dans des biens immobiliers à Toronto en donnant de l’argent à ses fils, Khashayar et Ardavan. Il a également cédé sa maison de 3 millions de dollars à Bridle Path, à Toronto, à sa fille, Parandis Khavari, et a transféré leurs deux autres maisons au nom de Mme Khavaris uniquement. Malgré les nombreuses demandes de la police iranienne, les autorités canadiennes n’ont pas extradé Khavari. Il risque la peine de mort s’il est reconnu coupable par le système judiciaire iranien.
Le 31 octobre 2011, le député Irwin Cotler de la Chambre des communes du Canada a demandé une enquête sur la façon dont il est devenu citoyen canadien.
En 2016, Bloomberg a rapporté que Khavari et ses fils ont été actifs sur le marché immobilier de Toronto même après le scandale et que de 2012 à 2016, la famille a acheté pour au moins 12,1 millions de dollars de propriétés sous divers noms et entités juridiques. De plus, ils sont responsables d’environ 11 millions de dollars provenant de 10 hypothèques différentes.
De nombreuses entreprises et institutions auxquelles Khavari a été associée, telles que la Banque Sepah et plus tard la Banque Melli, ont été sanctionnées par le conseil de sécurité des Nations Unies et la communauté internationale depuis 2007. Le Conseil de sécurité des Nations Unies a mis la banque Sepah sur liste noire en vertu de la résolution 1747 et a imposé des restrictions à Melli en vertu de la résolution 1803. Selon Avi Jorisch, expert en sécurité, Khavari enfreint le Règlement sur les Mesures économiques spéciales (Iran) pour avoir travaillé et fourni des services financiers pour le compte d’une entité canadienne désignée. Khavari contrevient également à la Loi antiterroriste du Canada, ainsi qu’à la Partie II.1 du Code criminel (article 83.05). De plus, en vertu de l’article 83.05, les autorités canadiennes ont le droit de geler les avoirs de Khavari. Cependant, en 2016, Khavari n’a fait l’objet d’aucun gel d’avoirs ni d’enquête de la part des autorités canadiennes.
