Helgenomsekvenser Av Fem Stammer Av kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 OG NCTC7511

kunngjøring

KOCURIA ROSEA ER EN IKKE-SPOREFORMENDE, AEROB, OKSIDASE-NEGATIV, KATALASE-POSITIV, GRAM-POSITIV coccoid BAKTERIE SOM VOKSER SOM SIRKULÆRE, GLATTE, Rosa Kolonier På Næringsagar. Denne organismen er tradisjonelt kjent som en saprofyte og finnes vanligvis i det naturlige miljøet (jord, vann og luft) (1). K. rosea er også en kommensal av menneskelig hud og oropharynx og er svært sjelden et menneskelig patogen, men på grunn av potensiell feilidentifikasjon og mikrokokki som betraktes som forurensninger, kan dens rolle i infeksjon undervurderes (2). K. rosea har blitt beskrevet som et opportunistisk patogen; det har vært kjent å forårsake medisinsk utstyrsrelatert sykdom hos immunkompetente og hos de med underliggende forhold, og det har vært involvert i isolerte tilfeller av urinveisinfeksjon, bakteriemi, endokarditt og peritonitt hos de som gjennomgår peritonealdialyse (3-6). Fenotypiske og biokjemiske identifikasjonsteknikker kan mislykkes i å identifisere K. rosea riktig, og genombaserte identifikasjonsmetoder kan være nødvendige for å bygge et mer komplett bilde av sykdommen forårsaket av denne organismen (2). For tiden er det bare tre utkast genomsekvenser tilgjengelig For K. rosea stammer. Her rapporterer vi flere genomsekvenser av fem stammer deponert i National Collection Of Type Cultures (NCTC). Tre av disse genomene har blitt samlet inn i en enkelt contig.

på grunn av den historiske naturen til stammene sekvensert i denne studien, er tilgjengeligheten av metadata begrenset. NCTC poster markere at alle fem stammer ble isolert før 1949. Spesielt er alle oppført i en studie utført i NCTC på slutten av 1940-tallet, hvor målet var å gi et allestedsnærværende nyttig system for klassifisering for aerob katalase-positive Gram-positive kokker ved å undersøke 431 stammer for morfologiske egenskaper, biokjemiske egenskaper og følsomhet overfor to bakteriofager (7). DET er også kjent AT NCTC7512, NCTC7514 og NCTC7528 en gang var en del Av Kral-Samlingen, en av verdens første mikrobielle kultursamlinger som opererte fra 1890 til 1911.

de fem nctc-stammene ble gjenvunnet fra lyofiliserte ampuller, dyrket på næringsagar og inkubert ved 37°C i 48 timer. Genomisk DNA ble ekstrahert fra de rene kulturer ved Hjelp Av Qiagen midi-settet og en 100 / G Genomisk-tip (Manchester, STORBRITANNIA). Hele genomsekvensering (WGS) ble utført ved Hjelp Av Pacific Biosciences (PacBio) RS II-plattformen. DNA ble skåret til 15 kb, etterfulgt av utarbeidelse av en 10 kb – til 20 kb bibliotek og sekvensering utnytte c4 / P6 kjemi.

Sekvenslesninger ble satt sammen ved HJELP AV HGAP v3 AV SMRT-Analyseprogramvaren v2.3.0 (8). Foldedekningen til målet ved plukking av minimum fragmentlengde for montering ble satt til 30, og den omtrentlige genomstørrelsen ble satt til 3 Mbp. Forsamlingen ble sirkularisert Ved Hjelp Av Circlator v1.1.3 (9). Til slutt ble den sirkulariserte forsamlingen polert ved Hjelp Av PacBio RS_Resequencing-protokollen og Quiver v1 AV SMRT-Analyseprogramvaren v2.3.0. Automatisert annotering ble utført Med Prokka v1.5 og en slekts-spesifikk database Fra RefSeq (10). Sammendragsstatistikken for genomene til de fem stammene er vist I Tabell 1.