I primi incarichi professionali di John Bitter furono come direttore della Jacksonville Symphony Orchestra (1934-1937) e direttore della Florida Federal Symphony (1937-1939). Fu anche direttore associato della All American Youth Orchestra di Leopold Stokowski (1940-1941).
Ha successivamente servito come direttore della University of Miami Symphony Orchestra dal 1940 al 1942, poi arruolato nell’esercito degli Stati Uniti durante la seconda guerra mondiale nel 1943 e servito per cinque anni come ufficiale dei servizi segreti con la Nona armata. Rimase dopo la guerra a Berlino, e ha assistito con gli sforzi di rieducazione culturale degli Stati Uniti come supervisore del governo militare americano Information Control Division (ICD) e titolare della licenza militare per la Filarmonica di Berlino. Ha anche diretto la Filarmonica di Berlino 30 volte tra il 1945-1948, ed è stato direttore ospite dell’Orchestra sinfonica di Dresda e della Filarmonica di Amburgo.
Divorziò e nel 1947 sposò l’inglese Barbara Buttery Pinion (1918-2013), analista di ricerca per il WRAF e analista di documenti durante i Processi di Norimberga (1945-1946). Una figlia Robin Simonetta Bitter è nata a Firenze, Italia nel 1950.
La famiglia Barbara e John Bitter si trasferì a Miami, in Florida nel 1950, quando fu nominato decano della University of Miami School of Music (rinominata Frost School of Music nel 2003) e direttore musicale e direttore d’orchestra della University of Miami Symphony Orchestra. Una figlia Noel Lesley Bitter è nata a Miami nel 1952 e una terza figlia Marietta Barbara Bitter è nata nel 1957.
Bitter ha diretto l’Orchestra sinfonica dell’Università di Miami per 13 stagioni con abbonati sia al Miami Beach Municipal Auditorium che al Dade County Auditorium. I concerti hanno visto la partecipazione di importanti solisti ospiti del giorno tra cui il violinista Yehudi Menuhin, il violoncellista Leonard Rose, il soprano Beverly Sills e la pianista Gina Bachauer. Ha anche invitato un flusso costante di direttori ospiti tra cui Igor Stravinsky, Heitor Villa-Lobos, Andre Kostelanetz e Arthur Fiedler. Università di Miami facoltà di musica e gli studenti si sono esibiti in orchestra.
Nel 1950 ha anche istituito una serie decennale di concerti Miami Beach Summer Pops presentati dalla University of Miami Summer Symphony Orchestra presso il Miami Beach Auditorium. La sua programmazione ha visto direttori ospiti come Paul Whiteman e Skitch Henderson, e Bitter ha diretto concerti con solisti come il pianista cubano Jorge Bolet.
Bitter anche ospite condotto durante i mesi estivi in luoghi come il Brevard Music Center di Asheville, Carolina del Nord.