middelalderen
Den middelalderske fasen Av Japansk filosofi utvidet fra slutten Av Det 12. århundre gjennom det 16. århundre, en epoke med sosial og politisk omveltning. Med oppløsningen av aristokratiets makt og fremveksten av samuraiklassen til politisk og militær dominans, mistet retten livet så sentralt i den klassiske perioden sin lokke. I møte med tilbakevendende krigføring og en uvanlig rekke naturkatastrofer mistet Mange Japanere interessen For De kosmiske visjonene Til Shingon og Tendai. De håpet i stedet på en religiøs filosofi rettet mot å lede en fredelig hverdag i det som hadde blitt en stadig mer turbulent verden. Buddhistiske splintergrupper (F. eks. Pure Land, Zen og Nichiren) slo rot utenfor etablerte institusjoner.
I Løpet Av Kamakuraperioden (1185-1333) – da føydalismen, shogunatet (militærdiktaturet) og samuraikrigerklassen ble etablert I Japan-samlet nye Buddhistiske skoler seg rundt En rekke tenkere som inkluderte Hō (1133-1212), Shinran (1173-1263), Dō (1200-53) og Nichiren (1222-82). Hō og Shinran, grunnleggerne Av De To Viktigste Rene landformene Av Japansk Buddhisme, analyserte menneskelig svakhet og behovet for å stole På den forløsende kraften Til Amida Buddha, lysets buddha som lovet gjenfødelse i Det Rene Land til de troende. Dō brukte Zen meditasjon som et middel til å analysere filosofiske problemer knyttet til bevissthet og selvet. Nichiren lovpriste kraften av hengivenhet Til Lotus Sutra og dens ideal av bodhisattva, eller «buddha-å-være.»Til støtte for denne praksisen utarbeidet han en historiefilosofi og en kritikk av Andre Buddhistiske skoler.
Til tross for deres forskjeller delte Kamakura-filosofene en bekymring for å forenkle Buddhistisk praksis og gjøre den tilgjengelig for lekfolk i alle klasser. Selv I Dag praktiserer De Fleste Japanske Buddhister former for religiøst liv utviklet I Kamakuraperioden. Filosofiene til disse tenkerne fortsetter også å påvirke Mange Japanske kulturelle antagelser. Zen brakte et fokus på disiplin ikke som et middel til opplysning, men som et mål i seg selv, Mens Rene landkritikker av åndelig selvtillit forsterket en mistillit til oppfatningen av selvet som et isolert ego. Japanske estetiske teorier fortsatte å utvikle seg i middelalderen og reflekterte I økende Grad Buddhistiske temaer av løsrivelse, streng praksis og feiring av hverdagen. Under middelalderen, Shintō tanke og praksis ble vesentlig absorbert inn I Den Buddhistiske religiøse hegemoni. Det var lite kritisk utvikling Av Konfuciansk filosofi i denne perioden.