kocuria rhizophila DC2201 (=NBRC 103217)

日本語で表示

jord actinomycete kocuria rhizophila Er en coccoid, gram-positiv bakterie. Det tilhører Familien Micrococcaceae I underordenen Micrococcineae, en divergerende bakteriegruppe som bare begrenset mengde genomisk informasjon er tilgjengelig. Typen stamme Av K. rhizophila (DSM 11926T) ble isolert fra rhizosfæren av smalbladet cattail (Typha angustifolia). Slekten Kocuria ble opprettet Fra slekten Micrococcus på grunnlag av den fylogenetiske og kjemotaksonomiske disseksjonen Av slekten Micrococcus. Medlemmer av slekten Kocuria ble isolert fra et bredt utvalg av naturlige kilder, inkludert pattedyrhud, jord, rhizosfæren, fermenterte matvarer, kliniske prøver, ferskvann og marine sedimenter. K. rhizophila atcc 9341, tidligere Micrococcus luteus, er betegnet som en kvalitetskontrollstamme i en rekke applikasjoner, inkludert følsomhetsanalyser for en rekke antibiotika. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) ble avledet FRA IFO 12708 og karakterisert som en stamme som viser toleranse for et bredt utvalg av organiske løsningsmidler. Den lille genomstørrelsen, evnen til å vokse raskt og ved høy celletetthet, og robustheten til cellene ved forskjellige vekstforhold vil være svært fordelaktig for utviklingen av bakteriell biokonversjonssystem som kan brukes under tøffe forhold som i organiske løsningsmidler.

Sekvensering Og annotering Av genomet Av k. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) avslørte et enkelt sirkulært kromosom (2,697,540 bp; g+C innhold på 71,16%) som inneholdt 2,356 spådde proteinkodende gener. De fleste av de spådde proteiner (87.7%) var ortologe for actinobakterielle proteiner, og genomet viste ganske god synteni med taksonomisk relaterte actinobakterielle genomer. På den annen side synes genomet å kode mye mindre antall proteiner som er nødvendige for sekundær metabolisme (en hver av nonribosomal peptidsyntetase og type III polyketidsyntase), transkripsjonell regulering og lateral genoverføring, som reflekterer den lille genomstørrelsen. Tilstedeværelsen av sannsynlige metabolske veier for transformasjon av fenolforbindelser generert fra dekomponering av plantematerialer, og tilstedeværelsen av et stort antall gener assosiert med membrantransport, spesielt aminosyretransportører og legemiddelutløpspumper, kan bidra til organismenes utnyttelse av roteksudater samt toleransen for forskjellige organiske forbindelser.

dette arbeidet ble utført som en del av prosjektet «Utvikling Av En Teknologisk Infrastruktur For Industrielle Bioprosesser» Av New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Japan.

bilde av
Dr. Tamura(NBRC, NITE)

Til Toppen Av Siden