1. KRAS ekson 2 (kodon 12/13) og ekson 3 (kodon 61) mutasjonstesting: Kobas® KRAS Mutasjonstest For In Vitro Diagnostisk bruk (Roche).
Cobas® KRAS Mutasjonstest Er EN PCR-TEST I SANNTID for kvalitativ påvisning av somatiske mutasjoner i ekson 2 (kodon 12/13) og ekson 3 (kodon 61) AV KRAS-genet ved HJELP AV EN DNA-inngang på 100 ng. Testen kan oppdage 19 KRAS-mutasjoner. Tilstedeværelsen av mutasjoner oppdages med en analytisk spesifisitet på minst 99% og en deteksjonsgrense på minst 5% mutantnivå i en bakgrunn av villtype genomisk DNA.
Cobas® KRAS-Mutasjonstesten er basert på to hovedprosesser: (1) manuell prøvepreparering for å oppnå genomisk DNA fra ett eller to 5 µ tykke seksjoner AV FFPE CRC-vev som inneholder minst 10% tumorceller; (2) PCR-forsterkning av mål-DNA ved bruk av komplementære primerpar og to oligonukleotidprober merket med fluorescerende fargestoff. Primerparene som brukes definerer en 85 baseparsekvens for ekson 2 som inneholder KRAS-kodoner 12 og 13, og en 75 baseparsekvens for ekson 3 som inneholder KRAS-kodon 61 i humant genomisk DNA. En sonde er designet for å oppdage KRAS-kodon 12/13-sekvensen i ekson 2, og den andre sonden er designet for å oppdage KRAS-kodon 61-sekvensen i ekson 3 AV KRAS-genet. Mutasjonsdeteksjon oppnås ved å smelte kurveanalyse Av Cobas z 480 analysator (1).
2. KRAS Mutasjonstest v2 (LSR)
KRAS Mutasjonstest v2 (LSR) er en ALLELSPESIFIKK PCR – test i sanntid for kvalitativ deteksjon og identifisering av ekson 2, 3 og 4 mutasjoner I V-Ki-ras2 Kirsten rat sarcoma viral oncogen homolog (KRAS) genet fra formalin-fast, parafin-embedded vev (FFPET). Testen er designet for å oppdage 28 unike mutasjoner. Tilstedeværelsen av mutasjoner oppdages med en analytisk spesifisitet på minst 99% og en deteksjonsgrense på minst 1% mutantnivå i en bakgrunn av villtype genomisk DNA.
KRAS Mutasjonstest v2 (LSR) er basert på to prosesser: (1) manuell prøvepreparering for å oppnå genomisk DNA fra FFPET; og (2) PCR-forsterkning og deteksjon av mål-DNA ved hjelp av komplementære primerpar og oligonukleotidprober merket med fluorescerende fargestoffer.
KRAS Mutasjonstest v2 (LSR) bruker primere som definerer spesifikke baseparsekvenser for hver av de målrettede mutasjonene. Forsterkning skjer bare i OMRÅDENE AV KRAS-genet mellom primerne; hele genet forsterkes ikke. De målrettede KRAS-sekvensene spenner fra 79 – 114 basepar. Mutasjonsdeteksjon oppnås GJENNOM PCR-analyse med Cobas z 480 analysator. (1)
3. BRAF/NRAS Mutasjonstest (LSR)
Braf / NRAS Mutasjonstest (LSR) er en ALLELSPESIFIKK PCR-TEST i sanntid for kvalitativ deteksjon og identifisering av ekson 11 og 15 mutasjoner i proto-onkogen B-Raf (Braf)-genet og ekson 2, 3 og 4 mutasjoner i neuroblastom RAS viral oncogen homolog (NRAS) – genet fra formalinfast, parafininnebygd vev (FFPET).
testen er designet for å oppdage 36 unike mutasjoner. Tilstedeværelsen av mutasjoner oppdages med en analytisk spesifisitet på minst 99% og en deteksjonsgrense på minst 5% mutantnivå i en bakgrunn av villtype genomisk DNA.
BRAF/NRAS Mutasjonstest (LSR) er basert på to hovedprosesser: (1) manuell prøvepreparering for å oppnå genomisk DNA fra FFPET; og (2) PCR-forsterkning og deteksjon av mål-DNA ved hjelp av komplementære primerpar og oligonukleotidprober merket med fluorescerende fargestoffer.
BRAF/NRAS Mutasjonstest (LSR) bruker primere som definerer spesifikke baseparsekvenser for hver av de målrettede mutasjonene. Forsterkning skjer bare i OMRÅDENE AV braf-eller NRAS-gener mellom primerne; hele genet forsterkes ikke. Braf-sekvenser varierer fra 101-120 basepar. Nras sekvenser varierer fra 94 – 121 basepar. Mutasjonsdeteksjon oppnås GJENNOM PCR-analyse med Cobas z 480 analysator. (2)
Klinisk implikasjon
KRAS og NRAS er nært beslektede onkogene RAS-familiemedlemmer, og mutasjoner i begge genene ved kodon 12, 13 (ekson 2), kodon 61 (ekson 3) og kodon 146 (ekson 4) resulterer i økte nivåer av guanosintrifosfatbundne ras-proteiner. Overaktiv RAS-signalering fremmer onkogenese. I kolorektalt karsinom (CRC) finnes KRAS-og NRAS-mutasjoner ved disse kodonene i opptil 50% av tilfellene og forutsier manglende respons på ANTI-EGFR-behandling. De FLESTE RAS-mutasjoner er punktmutasjoner som forekommer i KRAS ekson 2 (kodon 12 eller 13; omtrent 40%). Andre RAS-mutasjoner forekommer sjeldnere, og de vanligste mutasjonene forekommer I KRAS eksoner 3 og 4 og NRAS eksoner 2 og 3 (3).
Omtrent 50% av melanomene har aktiverende mutasjoner I BRAF. Over 90% av braf-mutasjonene resulterer i et nukleotid 1799 T> en endring som fører til en valin-til-glutaminsyresubstitusjon i posisjon 600 (V600E). BRAF V600E-mutasjonen forårsaker ukontrollert signalering AV MAPK-banen som fører til overdreven cellevekst og proliferasjon. Midler rettet mot aktivert mutant BRAF (braf-hemmere) har vist seg å være vellykket hos pasienter med metastatisk melanom som har denne mutasjonen (1-3).
BORTSETT fra dens prediktive verdi ved melanom, har BRAF V600E-mutasjonen også prognostisk verdi ved kolorektal kreft og ved lungekreft (NSCLC) (4,5,7). BRAF V600E-mutasjonen finnes i omtrent 10% av metastatisk kolorektalt karsinom og har vært assosiert med tilstedeværelse av mikrosatellittstabilitet (6). Generelt har pasienter med braf mutant CRC lav responsrate på konvensjonell behandling og ugunstig prognose. MENS BRAF v600-muterte melanomer er følsomme for BRAF-hemmere, KAN BRAF V600-muterte CRCs ikke være like følsomme. Aktivering AV EGFR i kolorektal kreft kan forklare hvorfor kolorektal kreft generelt har lavere respons på BRAF-hemmere. Det anbefales derfor å starte kombinasjonsbehandling med EGFR – og BRAF-hemmere.
BRAF V600E-mutasjonen finnes også hos 3-5% av alle lungekreft (7). MENS BRAF-hemmere har vist seg å være vellykket hos V600E-mutasjonspositive nsclc-pasienter, HAR FDA godkjent bruk av kombinasjonsbehandlingen med BRAF – og MEK-hemmer for NSCLC-pasienter med EN V600E-mutasjon basert på resultatene fra en internasjonal, multisenter, tre-kohort, ikke-randomisert, ikke-komparativ, åpen studie hos pasienter med lokalt bekreftet BRAF V600E-mutasjonspositiv metastatisk NSCLC.
Prøvekrav
Akseptable prøver for analysen er formalinfikserte, parafininnebygde kolorektale karsinomvevsprøver med en fikseringstid på 6-48 timer.
Volum
1 representativ parafinblokk foretrekkes. Alternativt, for reseksjonsprøver er det nødvendig med minst 5 vevsseksjoner uten flekker (5 µ tykk) (full ras-testing).
Instruksjoner For Lagring og forsendelse
Vedlikeholde og sende prøver ved omgivelsestemperatur.
Begrensninger
Utilstrekkelig tumorinnhold tillater kanskje ikke påvisning AV KRAS/NRAS/BRAF mutasjoner: 10% av tumorcellene er nødvendig. Tumorinnholdet evalueres før analyse og makrodisseksjon utføres. Andre fikseringsmidler enn formalin eller forlenget fikseringstid kan gi utilstrekkelige resultater.
Spesielle krav
Ingen.
turn-around-time
5 til 7 virkedager for henholdsvis lysbilder og parafinblokker.
- Li et al. En Svært Verifisert Analyse for KRAS Mutasjonsdeteksjon I Vev Og Plasma Av Lunge -, Kolorektal-Og Bukspyttkjertelkreft. Arch Pathol Lab Med. 2019 Februar;143:183-9
- Patten et al. En sensitiv og nøyaktig test for samtidig påvisning av 36 BRAF-og NRAS-mutasjoner. Tidsskrift For rettsvitenskap 2018 36:15
- Douillard JY et al. Panitumumab-FOLFOX4 behandling og RAS mutasjoner i kolorektal kreft. N Engl J Med. 2013 September 12;369 (11): 1023-34.
Oppdatert 03. desember 2019
