under 2011 avgick Khavari från sin position vid Bank Melli bland anklagelser om att vara inblandad i den iranska förskingringsskandalen på ungefär 2,6 miljarder dollar. Skandalen involverade att använda förfalskade dokument för att bedrägligt köpa tillgångar som inkluderade stora statligt ägda företag; Bank Melli, som Khavari ledde som styrelsens ordförande och verkställande direktör, anklagades för att underlätta bedrägliga betalningar. Khavari gick strax efter till Storbritannien för att delta i ett möte i Lloyd Bank och meddelade sin avgång genom att faxa det till iranska tjänstemän tisdagen den 27 September 2011.
i sitt avgångsbrev implicerade Khavari en annan bank som källa till bedrägeriet och hävdade att han avgick för att ”respektera den allmänna opinionen”, enligt Bloomberg.
i slutet av September, 2011 flyttade han till Kanada, där han har medborgarskap. Toronto fastighetsregister i Khavaris namn dateras till 2001, då han tog ut en inteckning för en fastighet på 615 000 dollar på Elmwood Ave., i North York. På en gång ägde Khavari ett Toronto-baserat företag som heter Soaring Properties. I försök att skydda sitt kapital från beslag investerade Khavari i Toronto fastigheter genom att ge pengar till sina söner, Khashayar och Ardavan. Han undertecknade också sitt hus på 3 miljoner dollar i Bridle Path, Toronto över till sin dotter, Parandis Khavari, och överförde sina andra två hus för att bara vara i Fru Khavaris namn. Trots många förfrågningar från Iransk Polis utlämnade kanadensiska myndigheter inte Khavari. Han kan få dödsstraff om han döms av Irans rättssystem.
den 31 oktober 2011 krävde underhuset i Kanada medlem Irwin Cotler utredning om hur han blev kanadensisk medborgare.
i 2016 Bloomberg rapporterade att Khavari och hans söner har varit aktiva i Toronto fastighetsmarknaden även efter skandalen och från 2012 till 2016 familjen har köpt minst $12.1 miljoner till ett värde av fastigheter under olika namn och juridiska personer. Dessutom är de ansvariga för ungefär $11 miljoner från 10 olika inteckningar.
många av de företag och institutioner som Khavari har varit associerade med som Bank Sepah och senare Bank Melli har sanktionerats av FN: s säkerhetsråd och det internationella samfundet sedan 2007. FN: s säkerhetsråd svartlistade Bank Sepah under resolution 1747 och satte begränsningar för Melli under resolution 1803. Enligt säkerhetsexpert, Avi Jorisch,bryter Khavari mot reglerna för särskilda ekonomiska åtgärder (Iran) för att ha arbetat och tillhandahållit finansiella tjänster på uppdrag av en utsedd Kanadensisk enhet. Khavari bryter också mot Kanadas Antiterrorismlag, tillsammans med del II.1 i strafflagen (avsnitt 83.05). Enligt avsnitt 83.05 har kanadensiska myndigheter dessutom rätt att frysa Khavaris tillgångar. Från och med 2016 har dock Khavari inte utsatts för någon frysning av tillgångar eller utredning av de kanadensiska myndigheterna.
